Програми наукових досліджень, виконавцем яких є ННЦ «ІГА імені О.Н. Соколовського»:
1 «Розробити наукові засади збалансованого використання ґрунтових ресурсів, прогноз розвитку та управління відтворенням родючості ґрунтів як основи сталого розвитку України» («Грунтові ресурси: прогноз розвитку, збалансоване використання та управління»)
3 «Розробити наукові основи функціонування систем виробництва органічної сільськогосподарської продукції з максимальним залученням відновлюваних ресурсів» («Органічне виробництво сільськогосподарської продукції»)
5 «Наукові основи та технології сталого використання водних ресурсів і меліорованих земель» («Стале використання водних ресурсів і меліорованих земель»)
24 «Формування та ведення Національного банку генетичних ресурсів рослин для стабільного забезпечення потреб народу України у продукції рослинництва» («Генофонд рослин»)
44 «Наукові основи ефективного функціонування та інноваційно-інвестиційного розвитку аграрної науки в конкурентних умовах міжнародної інтеграції» («Інноваційний розвиток»)